Ph.D. José Ramiro Bolaños Rivera.  Es egresado de la Universidad Mariano Gálvez del programa de Licenciatura en Teología, fue rector del SEP de noviembre 2003 a diciembre 2009, y de enero 2010 a la fecha es el decano académico. Cuenta con estudios en Ingeniería en  Ciencias de la Computación (USAC), tiene una Maestría en Derechos Humanos (URL), una Maestría en Bioética (UNIS), además posee las siguientes especialidades; en Historia Eclesiástica (SBG), Investigación Social y Derechos Humanos (URL) y en Consejería Cristiana (MCA).  Su Doctorado es en Educación de la (UPANA).  Pastor activo del Presbiterio Central de la Iglesia Evangélica Nacional Presbiteriana de Guatemala en Iglesia Presbiteriana de la Antigua Guatemala.
M.A. Edgar Leonel Fuentes. Es alumno egresado del SEP del nivel de Licenciatura en Teología,  docente invitado.  Su área de especialidad es la Psicología y la Pastoral.  Es Licenciado en Psicología egresado de la Universidad de San Carlos de Guatemala. Actualmente es cursante de la Maestría en Antropología en la misma universidad. Es Pastor activo del Presbiterio de Occidente. Posee una Maestría en Consejería Cristiana Profesional otorgada por el SEP.
M.A. Siomara Ochoa Orozco. Es Licenciada en Psicología egresada de la Universidad San Carlos de Guatemala, docente invitada y directora actual del Departamento de Investigación del SEP. Posee una Maestría en Consejería Cristiana Profesional otorgada por el SEP. Es Diaconisa de Iglesia Presbiteriana Jehová Jireh de Quetzaltenango, del Presbiterio de Occidente.
Lic. Th. Carlos Leonel Peláez.  Es alumno egresado del SEP del nivel de Licenciatura en Teología, labora en esta institución como Profesor a tiempo completo desde el año 2000, su área de especialidad son los idiomas, específicamente el Griego.  Ha laborado como docente invitado en varias instituciones teológicas del país.  Tiene Pensum cerrado de la carrera de Arquitectura de la Universidad de San Carlos de Guatemala.  Es presbítero gobernante de la Iglesia Presbiteriana Central.
Lic. Th. Pedro Toc Reynoso. Es alumno egresado del SEP del nivel de Licenciatura en Gestión Eclesiástica Intercultural. Actualmente estudia una Maestría en Docencia en la Facultad de Teología de la Universidad Mariano Gálvez. Es docente invitado y pastor activo del Presbiterio del Pacífico.
Prof. Marco Tulio García. Es alumno egresado del SEP, y posee estudios del nivel Profesorado en Teología. Es Pastor activo del Presbiterio de Occidente. Docente invitado.
Otros docentes que han colaborado en los programas y carreras que imparte el SEP son: Candidato a Dr. En Teología Aplicada, (UPANA), M.A. Carlos Herfst; Obrero Fraternal de la Iglesia Cristiana Reformada Libre del Canadá en la IENPG del 2004 al 2014. Dr. Mardoqueo A. Muñoz; pastor de la IENPG y PCUSA, Dr. Hugo Fernando Mazariegos; Pastor en Presbiterio Central y actual Decano de la Facultad de Teología UPANA, Dr. Mario Higueros ex Rector de SEMILLA, Dr. Samuel Berberián ex Decano Facultad de Teología UPANA, Lic. Edgar Turriz, Lic. Gabriel Gómez.